دوره پایه ای برنامه نویسی r و آنالیز داده های RNA-seq
در این دوره ما خواهیم آموخت :
1- معرفی دوره و اهداف پیش رو
2- آموزش پایه ای برنامه نویسی r
3- آنالیز های پایه و گرافینگ در r
4- بررسی مفاهیم مولکولی و RNA-seq
5- آنالیزنمونه داده RNA-seq
6- فراخوانی داده از پایگاه داده TCGA و آنالیز Mir-seq سرطان
- به همراه داشتن لپ تاپ
- دانش پایه به زیست شناسی و ژنتیک
- آشنایی با مفاهیم توالی یابی
جلسات دوره R و آنالیز داده های RNA-seq
دانلود اسکریپت های دوره R و RNA-seq
اسکریپ R رایگان
کلیک کنید و لینک زیر را در مرورگر خود وارد کنید
https://drive.google.com/file/d/1jTkgqjzhqJY9j3LH_A8SjDrJtKWZ4KAl/view?usp=drive_link
اسکریپ RNA-seq رایگان
کلیک کنید و لینک زیر را در مرورگر خود وارد کنید
https://drive.google.com/file/d/1nrgaFqOe519eft1jvHfe_tcv12eWzHk5/view?usp=sharing
مثال داده ها رایگان
کلیک کنید و لینک زیر را در مرورگر خود وارد کنید
https://drive.google.com/file/d/1YyTnDrSZAYl9-l_qS_ODfoaoh5JptbKa/view?usp=sharing
https://drive.google.com/file/d/1aozZd8ss2fxgOL0HkMf_hp5vK2jQfm3H/view?usp=sharing
موارد مرتبط
دوره آنالیز داده های دیتابیس اطلس ژنوم سرطان (TCGA)
آنالیز داده های توالی یابی RNA
-
🔬 دوره تخصصی RNA‑Seq متابیوم
از داده خام تا کشف بیان ژنی، گامبهگام با شما
سلام به شما همراه کنجکاو دنیای ژنها و دادهها.
دوره «RNA‑Seq متابیوم» پلی است میان مفاهیم مولکولی و قدرت تحلیل داده؛ جایی که زیستشناسی با آمار و کدنویسی میآمیزد و تصویر پویایی از بیان ژنها در شرایط فیزیولوژیک و پاتولوژیک شکل میگیرد. این دوره به گونهای طراحی شده تا پژوهشگر، بدون نیاز به پیشزمینهٔ برنامهنویسی، بتواند دادهٔ RNA‑Seq را از مرحلهٔ فایل خام تا تحلیلهای بیولوژیکی سطحبالا هدایت کند.
در طول این مسیر، با مفاهیم مولکولی، اصول آماری، محیط لینوکس و ابزارهای زیستی واقعی کار خواهید کرد؛ از مشاهدهٔ دقیق فایل FASTQ تا محاسبهٔ Differential Gene Expression و درک الگوهای بیان میان هزاران ژن در سلولهای زنده.
سرفصلهای کلیدی دوره:
آشنایی با مبانی مولکولی و آماری مرتبط با RNA‑Seq
معرفی سیستمهای توالییابی RNA و ایجاد بستر آنالیز
کار در محیط لینوکس و تسلط بر ساختار فایل FASTQ
QC و تریمینگ دادهها، همترازی و پردازش با samtools
درک عمیق فایلهای GTF و تشکیل read count matrix
ورود به دنیای زبان R و اجرای آنالیز DGE
ترسیم نتایج، شناسایی ژنهای مسیرهای فعال، GO و KEGG
کلاسترینگ بیانی و تفسیر نهایی نتایج
امکانات و ویژگیها:
پشتیبانی زنده در هر جلسه و گروه تخصصی واتساپ
ارائهٔ گواهی معتبر پس از آزمون نهایی
دسترسی به همهٔ جلسات بهصورت آنلاین و آفلاین
برگزاری بدون نیاز به مهارت برنامهنویسی پیشین
متابیوم، جایی برای آنکه دادهٔ خام در ذهن و دستان شما به داستانی از زندگی سلولی بدل شود.
آنالیز داده های NGS (توالی یابی اگزوم)
- دوره جامع آنالیز داده های توالی یابی اگزوم (NGS)
- ⭕️گروه آموزشی متابیوم جامعترین و کاربردیترین دوره فنی آموزش آنالیز #NGS را تقدیم شما میکند.
- ویژگی های این دوره:
- 🔺رویکرد برپایه درآمدزایی و کسب و کار 💵
- 🔺استعدادیابی و معرفی افراد برجسته به مراکز 🦾
- 🔺دسترسی دائمی به ویدیو ها و فایل های جلسات
- 🔺بدون هیچ پیشنیازی
- دکتر آرش پورشیخانی
دوره یادگیری بیوانفورماتیک پیشرفته بدون دانش برنامه نویسی
دوره یادگیری بیوانفورماتیک پیشرفته بدون دانش برنامه نویسی
این دوره مخصوص عزیزانی است که از یادگیری زبان برنامه نویسی اجتناب میکنن (که البته باید باهاش دوست بشن 😉) و دوست دارن بیوانفورماتیک رو در سطح مناسبی یاد بگیرند و بکار ببندند. باهم عناوین تدریس رو مرور کنیم:- 🔻مقدمه بیوانفورماتیک و ضرورت ها
- 🔻آشنایی با مقالات بیوانفورماتیک و نشاندادن نتیجه و خروجی هایی که در طول دوره یادمیگیرین
- 🔻توضیح و شرح کامل پایگاه داده NCBI با تمرکز روی دیتابیس Gene و دیتابیس های مشتغه
- 🔻 بررسی دیتابیس Ensemble
- 🔻 بررسی دیتابیس GeneCard
- 🔻 بررسی داده های GEOdataset
- 🔻بررسی داد های اطلس ژنوم سرطان TCGA
- 🔻 آنالیز داده های بیان ژنی microarray
- 🔻 آنالیز داده های بیان ژنی RNAseq کاملا بصورت آنلاین و دستی
- 🔻آنالیز داده های بیانی و هم بیانی ژن ها بصورت آنلاین
- 🔻آنالیز enrichment و کلاسترینگداده ها
- 🔻 آنالیز و رسم network ژن ها و میکرو RNA ها و lncRNA ها باهم در Cytoscape
- 🔻 ترسیم گراف های علمی (کاملا آنلاین)
- barchart
- histogram
- volcanoplot
- heatmap
- scaterplot
نظرات
متوسط امتیازات
جزئیات امتیازات
1 دیدگاه برای دوره پایه ای برنامه نویسی R و آنالیز داده های توالی یابی RNA (ویژه)
قیمت رایگان!
دکتر آرش پورشیخانی متخصص ژنتیک پزشکی، تخصص در آنالیز داده های ژنومیکس و ترامسکریپتومیکس
آنالیز داده های توالی یابی RNA
-
🔬 دوره تخصصی RNA‑Seq متابیوم
از داده خام تا کشف بیان ژنی، گامبهگام با شما
سلام به شما همراه کنجکاو دنیای ژنها و دادهها.
دوره «RNA‑Seq متابیوم» پلی است میان مفاهیم مولکولی و قدرت تحلیل داده؛ جایی که زیستشناسی با آمار و کدنویسی میآمیزد و تصویر پویایی از بیان ژنها در شرایط فیزیولوژیک و پاتولوژیک شکل میگیرد. این دوره به گونهای طراحی شده تا پژوهشگر، بدون نیاز به پیشزمینهٔ برنامهنویسی، بتواند دادهٔ RNA‑Seq را از مرحلهٔ فایل خام تا تحلیلهای بیولوژیکی سطحبالا هدایت کند.
در طول این مسیر، با مفاهیم مولکولی، اصول آماری، محیط لینوکس و ابزارهای زیستی واقعی کار خواهید کرد؛ از مشاهدهٔ دقیق فایل FASTQ تا محاسبهٔ Differential Gene Expression و درک الگوهای بیان میان هزاران ژن در سلولهای زنده.
سرفصلهای کلیدی دوره:
آشنایی با مبانی مولکولی و آماری مرتبط با RNA‑Seq
معرفی سیستمهای توالییابی RNA و ایجاد بستر آنالیز
کار در محیط لینوکس و تسلط بر ساختار فایل FASTQ
QC و تریمینگ دادهها، همترازی و پردازش با samtools
درک عمیق فایلهای GTF و تشکیل read count matrix
ورود به دنیای زبان R و اجرای آنالیز DGE
ترسیم نتایج، شناسایی ژنهای مسیرهای فعال، GO و KEGG
کلاسترینگ بیانی و تفسیر نهایی نتایج
امکانات و ویژگیها:
پشتیبانی زنده در هر جلسه و گروه تخصصی واتساپ
ارائهٔ گواهی معتبر پس از آزمون نهایی
دسترسی به همهٔ جلسات بهصورت آنلاین و آفلاین
برگزاری بدون نیاز به مهارت برنامهنویسی پیشین
متابیوم، جایی برای آنکه دادهٔ خام در ذهن و دستان شما به داستانی از زندگی سلولی بدل شود.

ندا کیهان ور
سلام آقای دکتر ممنون از توضیحات و فایل آموزشی،
در مورد لپتاپ مناسب برای بیولوژیست هایی که میخوان پایتون، R و آنالیز دیتا انجام بدهند ، آیا RAM 8 کافی هست یا باید RAM 16 باشه؟ (مک بوک)
خیلی ممنون
Dr.Arash Poursheikhani-metabiome
سلام خدمتتون
وقت بخیر
بستگی به نوع داده داره، برای کار ها و آنالیز های روتین بله مناسبه
برای Whole exome هم شاید جواب بده ولی فشار خیلی روش میاد
درباره سیستم و نوعش در اینستاگرام خودمون یه پست مرتبط گذاشتم